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文章中嵌入代码块_新的研究文章类型嵌入实时代码和数据
阅读量:2525 次
发布时间:2019-05-11

本文共 1425 字,大约阅读时间需要 4 分钟。

文章中嵌入代码块

虽然科学应该以彼此的发现为基础,以增进我们对周围世界的理解,但是即使在互联网时代,再现和重用以前发表的结果仍然具有挑战性。 自18世纪第一篇论文发表以来,科学论文的基本格式(科学家用来传达其发现的主要手段)几乎没有变化。

这是特别有问题的,因为由于过去二十年来研究技术的进步,研究人员所使用方法的丰富性和先进性远远超过了出版业完全出版它们的能力。 的确,研究文章中的“方法”部分主要仍然是一大部分文本,无法反映复杂性或无法促进用于获得已发表结果的方法的重用。

在解决方案上一起工作

为了应对这些挑战,网上生活, 与和在2017年开发的开源工具,栈用于编写,编译和在线出版计算重复性的手稿。 我们对该项目的愿景是创建一种新型的研究文章,将实时代码,数据和交互式图形嵌入传统手稿的流程中,并为作者和出版商提供在整个出版生命周期中支持这种新格式的工具。

由于我们的合作,我们于2019年2月发表了eLife的 。该基于《 收藏中 。 该文章的可复制版本展示了使用新RDS工具的一些可能性:科学家可以更充分地分享他们的研究成果,讲述他们工作的全部故事,而其他人则可以直接与作者进行互动,审讯并进行构建毫不费力地处理代码和数据。

研究界对发布我们的第一个可复制手稿的React是绝对积极的。 成千上万的科学家通过操纵其图来探索该论文的内联代码重新执行能力,几位作者直接与我们联系,询问他们如何出版自己的手稿的可复制版本。

受这种兴趣和反馈的鼓舞, 了通往开放的,可扩展的基础结构的路线图,以发布可计算的可复制文章。 RDS项目下一阶段的目标是提供以研究者为中心,对发布者友好的开源解决方案,该解决方案将允许任何人大规模托管和发布可复制文档。 这包括:

  1. 开发转换,渲染和创作工具,以使研究人员可以从多个起点撰写文章,包括GSuite工具,Microsoft Word和Jupyter笔记本
  2. 优化容器化工具以提供可靠且性能可重现的计算环境
  3. 构建后端基础结构,以启用浏览器中重新执行实时代码和同时导出PDF的选项
  4. 正式制定可复制文档档案的开放便携式格式(DAR)

接下来是什么,如何参与其中?

我们的第一步是发布可复制的文章,作为已被接受的论文的伴侣。 我们将努力在2019年底之前以DAR文件的形式接受可复制手稿的提交。您可以在我们的下一阶段开发文章“可 ”中了解有关创新关键领域的更多信息 。”

正在构建RDS项目时要牢记三个核心原则:

  • 开放性:我们优先考虑在现有开放技术的基础上进行构建,并让开放源代码技术人员和研究人员参与并参与其中,以创建一个包容性工具栈,该工具包将根据用户需求不断发展。
  • 互操作性:我们希望简化科学家的创建过程,并使发布者可以从多个起点轻松发布可复制的文档。
  • 模块化:我们正在堆栈中开发工具,以便可以将其取出并集成到其他发布者工作流程中。

您可以提供帮助。 我们欢迎所有希望为这个令人兴奋的项目做出贡献的开发人员和研究人员。 自eLife的第一篇可复制文章发布以来,我们一直在积极收集研究社区和开源社区的反馈,这对于(并将继续)对RDS的发展至关重要。

如果您想了解我们的最新进展,请注册 。 如有任何疑问或意见,请 。 我们期待与您一起旅途中。


本文部分基于Giuliano Maciocci,Emmy Tsang,Nokome Bentley和Michael Aufreiter “ ”。

翻译自:

文章中嵌入代码块

转载地址:http://xpbzd.baihongyu.com/

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